Отряд был сформирован на основании приказа ОГПУ СССР от 2 февраля 1928 года и приказа ПП ОГПУ в Средней Азии № 40/19 от 24 апреля 1928 года. Управление отряда было дислоцировано в городе Мерв (ныне г. Мары в Туркменистане) и он получил наименование «45 Мервский пограничный отряд войск ОГПУ Средней Азии».
Формирование отряда и его подразделений было окончено в июне 1928 г. Вновь сформированному отряду под охрану был дан участок границы Туркменской республики от 91 пограничного знака иранской границы, до 53 пограничного знака афганской границы, общей протяженностью 785 км.
В 1932 году Мервский отряд (45-й) был разделен на Серахский и Тахта-Базарский (68-й) пограничные отряды. Серахский отряд (45-й) начал считать дату своего образования со дня создания Мервского отряда — 2 февраля 1928 года. 20 апреля 1932 года 45 пограничному отряду от имени ЦИК СССР вручено Красное Знамя (приказ ОГПУ СССР № 355/С от 20 апреля 1932 года).
Годовой праздник отряда приказом НКВД СССР № 001550 от 12 декабря 1940 года установлен 15 апреля. Управление 45 пограничного отряда из г. Мерв было перенесено в г. Серахс. В состав отряда входили 3 комендатуры (15 застав), маневренная группа и резервная застава.
Во время войны в Афганистане бойцы и специалисты из Серахского погранотряда побывали в Афганских провинциях десятки раз, прикрывали границу с мятежным государством впоследствии. До осени 1991 года советские пограничники охраняли границу с Ираном.
После вывода российских отрядов КСАПО с территории Туркменистана, в наследство суверенному государству осталась вся инфраструктура в/ч 2063 в Серахсе. На её базе сформировано соединение туркменских ПВ, неизменным осталось и название – Серахский погранотряд суверенной Республики Туркменистан обеспечивает охрану границы с Ираном.
Последние российские пограничники покинули территорию страны в декабре 1999 года.
